童贻刚

军事医学科学院微生物流行病研究所研究员、教授、博士生导师

个人介绍：

军事医学科学院微生物流行病研究所研究员、教授、博士生导师，复旦大学遗传专业理学学士，军事医学科学院理学博士，加拿大UBC博士后。长期从事微生物基因组学、病原体高通量测序筛查、细菌耐药基因传播机制及噬菌体研究。在Nature，PNAS，柳叶刀传染病等杂志发表了SCI论文120余篇。作为中国第三批医疗队首席科学家赴塞拉利昂参与埃博拉疫情防控。以第一作者身份在nature杂志发表埃博拉病毒进化研究论文被评为2015年度中国科学十大进展之一。

议题：

利用微生物基因组测序大数据挖掘噬菌体暗物质信息

议题介绍：

高通量测序技术的快速发展，产出海量的基因组测序数据，这些数据中蕴含的信息可以从不同的角度反复挖掘。近年来微生物基因组测序数据也像其他测序数据一样指数增长，大量测序原始数据中有价值的信息等待再次挖掘，这其中就包含细菌的病毒——噬菌体的基因组信息。随着细菌对抗生素耐药问题的日益严重，噬菌体及噬菌体治疗逐渐成为生物医学研究的热点课题。噬菌体作为细菌的病毒，广泛存在于自然界的各种生境之中，其种类和数量远远大于细菌。噬菌体除了作为抗生素的补充和替代品之外，其丰富的基因资源可以广泛用于各行各业，包括分子生物学研究、药物递送载体、表面呈现技术、三代测序技术、电化学、材料科学等等。噬菌体基因组序列包好噬菌体全部遗传信息，是了解噬菌体、研究和应用噬菌体的基础。对噬菌体进行基因组测序涉及噬菌体的培养、富集、核酸提取、建库上机、全基因组序列拼接、基因的注释、溶原性的判别、基因组物理图谱分析等等。本实验室近年来进行了大量的噬菌体基因组高通量测序和生物信息学研究，对上述的问题形成了一整套解决方法，积累了丰富的经验，独创一种非常实用的利用深度测序大数据确定噬菌体基因组末端特性的方法，发现了多种噬菌体基因组末端的特性；同时建立了预测功能性前噬菌体的方法，可以从细菌基因组测序原始数据及裂解性噬菌体基因组测序数据中发现隐藏的功能性前噬菌体的完整基因组序列。